《意见》在分析医药行业发展背景时表示，目前我国的基本医疗保险制度改革、医疗体制改革和药品流通体制改革尚未形成可操作的协调与持续发展机制，医保无法对医院用药发挥制约作用，致使用药不合理，市场竞争无序；同时，在目前医药不分家、处方外放难的情况下，医院药房仍然绝对占据药品消费市场的垄断地位。

　　《意见》在阐述全国医疗保障体系覆盖面时，坦承医疗保障体系覆盖面小。“国有企业职工基本参加了医疗保险，但民营企业、外资企业中的职工，特别是进城务工的农民大多没有参加医疗保险，城市下岗职工、失业人员、低保人员、4亿多儿童和中小学生没有医疗保障。”

　　据第三次国家卫生服务调查结果显示，目前有44.8%的城镇人口和79.1%的农村人口没有任何医疗保障，基本上是自费看病。由于医疗保障覆盖面小、用药和检查费用不甚合理、部分药品价格虚高，致使许多老百姓看不起病，全国每年大约有1000余万的农村人口因病致贫或返贫。

　　《意见》要求，“十一五”期间，要坚持政府主导和市场机制相结合的原则，积极稳步推进医疗卫生体制改革，加大政府卫生投入，解决医疗机构的收入补偿问题，根本改变“以药养医”的局面。加快城镇职工基本医疗保险制度改革和农村新型合作医疗试点，进一步扩大社会医疗保险的覆盖面。

　　同时加快医药流通体制改革，进一步规范药品名称管理，实施药品通用名处方制度，建立向社会药店开放的处方管理制度，加大“医药分开核算、分开管理”、药品分类管理的实施和改革力度。

　　由于从目前中国医药科技发展现状看，短期内很难在新药创新研发领域取得重大突破，在未来一段时间内仍将无法改变以仿制药为主的局面，《意见》要求完善药品定价管理，为企业生存发展保留必要的价格空间。按公平竞争、质价相符原则，缩小国产药与合资药、进口药的价差，提高医疗必需、因价格过低而停产的药品的价格。