每日热点:基因新技术尝试检测未来的人为生物威胁
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在自然界中,生物体的遗传密码经常发生变化,有时隐秘,有时明显。 比如Covid-19已经发生了几次突变,病毒也更具有传染性。 但确定基因组是否被设计或操纵却是一项艰巨的任务。 现有的生物工程检测方法昂贵、缓慢且用途有限。
近日,Ginkgo Bioworks宣布开发了一套名为ENDAR(Engineered Nucleotide Detection and Ranking)的新的、初始计算工具,可帮助训练有素的分析师识别下一代测序(next generation sequencing,NGS)数据集中的基因工程。 该软件旨在使科学家能够大规模检测工程DNA,从而识别一系列生物体中基因工程的特征。
该项目根据IARPA(Intelligence Advanced Research Projects Activity)机构提出的“寻找工程相关指标”(FELIX)完成,此项计划旨在增强和改善当前的生物检测和生物监测能力。该新技术由Ginkgo和非营利性工程创新公司Draper合作完成。同时,Draper与IARPA也签订了合约,开发了基于实验室的基因测试和工具,可帮助由Ginkgo产生的DNA测序数据情境化。
这项新技术的宣布标志着IARPA项目FELIX的高潮, 并将提供给美国情报机构部门(IC)使用 。新技术可用于提供生物武器的早期预警,并有助于加快适当的反应,从而减轻不良后果,例如新的致命细菌或阻碍现有疫苗的改良病毒。 除了检测生物威胁,该技术还可用于环境监测和食品检查 。相关媒体称之为“这是一个里程碑,可以更好地保护国家免受人为生物威胁”。
IARPA项目经理David Markowitz表示:“Ginkgo为整个生物检测界取得了重大突破,在复杂的生物样本中检测基因工程的能力长期以来一直是一个大胆创新计划目标,这种新能力有望改变国家生物安全工作。”
在Covid-19大流行期间,拜登政府将改善生物监测和安全性放在首位。9月,拜登签署了行政命令,制定了一项加强国内生物技术和生物制造以及保护美国供应链的战略。据悉,白宫还将立即发布其新的国家生物防御战略,但要求不要透露姓名,因为细节暂时不会公开。
作为一家“生物设计公司”,Ginkgo一直走在科研的前端,从农作物、食品到如今的生物工程系列,从2017年收购DNA合成领域头部企业Gen9开始 ,该公司陆续和罗氏、Synlogic、默克、Moderna等合作,迅速开展了生物医药的研发,包括且不限于疫苗的研发、新冠病毒的抗原检测体系、扩大抗生素的发现范围、建立大规模的细胞编程平台等。
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